施工合同约定违约金可以直接从工程款中抵扣，被告主张减少工程款并抵扣的，应否提起反诉，建设工程施工合同纠纷中，经常发生被告将反诉内容作为抗辩意见提出，要求直接在本诉中抵扣工程款的情况。对此，应当准确判断上述主张属于反诉还是抗辩，并根据案情分别作出释明。对于承包人向发包人主张工程欠款，而发包人以承包人逾期竣工或工程存在质量问题要求承包人承担违约赔偿责任的，根据前述反诉与抗辩的识别标准，很容易判断出被告的主张属于反诉请求，应按反诉处理。

但由于双方当事人在合同中已明确约定可直接将工程质量违约金或赔偿金从应付工程款中予以扣减，原告也同意在本诉中根据双方合同的约定直接结算抵扣，也可以在本诉中一并处理，将被告的该主张视为抗辩，无须再提起反诉。