1．建设工程合同纠纷案件在开庭时，首先需核对当事人身份，查明当事人和其他诉讼参加人的到庭情况，复核庭审前准备阶段的程序性审查事项，确定案件进入实体调查无妨碍事由。

2．法庭调查阶段，主要需要查明合同的成立与效力、合同的履行情况、当事人是否存在违约行为，以及当事人的抗辩理由是否成立等，具体如下：

(1）确定诉讼请求：由原告明确其诉讼请求，根据原告的陈述进行必要的询问，诉讼请求不明时，法官应释明，要求原告明确其诉请，以固定其诉请的具体内容；由被告答辩，根据被告对诉讼请求及事实与理由的承认或反驳，归纳出双方意见一致的部分和争议的焦点部分。

(2）庭审时，审判人员应归纳双方争议焦点，并组织双方当事人围绕案涉工程纠纷争议焦点充分举证、质证并发表相关意见。

(3）法庭就本案的事实向当事人发问，主要查清以下事实：

①审查建设工程施工合同的效力：工程有无规划手续，施工人是否具备施工资质，是否存在转包、分包的情形，是否有挂靠的情形，是否办理了建设用地许可证、建设规划许可证、建设施工许可证等行政许可手续，是否属于《招标投标法》规定的应当进行招投标的项目，是否进行了招投标。

②审查建设工程施工合同条款：工程合同签订时间，工程位置和名称，工程范围，合同约定的工程价款计算方式，合同约定的工期，合同约定的工程款支付时间，合同约定的拖欠工程款违约金标准，竣工验收与结算的约定，质量保修的约定（工程质量保修范围和内容、质量保修期限、质量保修责任、质量保修费用等约定），合同约定的免责事由，有无约定工期延误的违约责任，有无约定纠纷的解决方式。

③审查合同的履行情况：发包人是否取得建设工程施工许可证，发包人是否按约提供了施工图纸，工程开工日期，完工日期，工程交付日期，工程结算日期，工程结算总额，拖欠工程款数额，拖欠工程款违约金计算方法，已经完成的工程量，工程质量是否符合合同约定，是否存在停工及停工造成的损失数额，发包人对工程量进度确认和相关签证的确认，发包人办理竣工验收手续的情况，发包人已经进行的工程结算情况，承包人在合同履行过程中是否按约向发包人提供工程进度月报和质量报告。

④审查当事人是否存在违约行为：发包人的违约行为一般表现在逾期支付工程价款，不按约定提供主要建筑材料、建筑构配件或者设备，不履行合同约定的协助义务；承包人的违约行为一般表现在擅自停工，非法转包或违法分包，逾期竣工，工程质量有缺陷。

3．法庭辩论：要求双方当事人围绕争议焦点根据法律进行辩论。