承包人交付的建设工程应符合合同约定的交付条件及相关工程验收标准。工程实际存在明显的质量问题，承包人以工程竣工验收合格证明等主张工程质量合格的，人民法院不予支持。

在双方当事人已失去合作信任的情况下，为解决双方矛盾，人民法院可以判决由发包人自行委托第三方参照修复设计方案对工程质量子以整改，所需费用由承包人承担。

被告恒森公司辩称：被告已按约定要求支付工程款，请求驳回原告南通二建诉讼请求；并反诉称：1．反诉被告偷工减料，未按设计图纸施工，质量不合格，导致屋面广泛渗漏，该部分重作的工程报价为3335092.99元，请求判令反诉被告赔偿该损失。2．双方约定工程竣工日期为2005年4月中，实际工程竣工日期为2005年7月26日，逾期91.5天，反诉被告应赔偿延误工期违约金915万元。

屋面渗漏的质量问题不在于原设计，而在于南通二建偷工减料，愿原设计要求施工孤影全面按设计方案修复。