程序性瑕疵的签证的效力，签证与索赔息息相关，涉及发承包人之间的责任分配事宜，为了确保签证准确，发承包人一般会在建设工程施工合同中对签证主体、时间等程序事项进行约定。《建设工程价款结算暂行办法》规定签证及索赔的审批主体是发承包双方授权的现场代表，工程设计变更导致价款调整的情况下需要承包人在设计变更后14天内提出签证，发包人在14天内予以确认或提出协商意见。

江苏省《关于工程量清单计算施工合同价款确定与调整的指导意见》规定，在发承包人未明确约定工程变更签证审批程序的情况下，签证单上必须有发包人代表、监理工程师、承包人（项目部）三方的签字和盖章，方可作为竣工结算的依据。《四川省《建设工程工程量清单计价规范》实施办法》则为一般事件、停工索赔、不可抗力索赔等签证事项规定了不同的签证提出及答复时间。