人民法院应当组织当事人对鉴定意见进行质证，所谓质证，是指当事人围绕证据的真实性、合法性以及与待证事实的关联性，针对证据有无证明力和证明力大小，进行说明和辩论的过程。质证虽然是当事人对对方证据反驳的过程，但也是法官通过诉讼各方的"反驳和攻击"对证据予以审查的过程，从而对案件事实进行判断和裁决。故从诉讼活动的角度来看，质证环节是使法官得以利用司法权对鉴定意见这一证据进行审查，使法官回归为裁判者，防止"以鉴代审"的重要手段。

质证作为一个法定程序，应由人民法院组织进行。只要是当事人提交的证据，人民法院在采纳之前，都应当组织各方当事人进行质证，所以质证不仅发生于一审程序，也可能发生于二审程序。比如，一审程序中没有委托鉴定、二审程序中委托鉴定形成的鉴定意见，二审法院应当组织当事人对鉴定意见进行质证。

关于鉴定意见，实践中存在质证难、采信难这两大难题。鉴定意见质证难，是指当事人很难在质证程序发生前对鉴定过程与鉴定方法深人、有效地了解，在质证程序中很难对已经作出的鉴定意见提出有效的质疑。由于司法鉴定意见是一种特殊的证据形式，涉及专业知识，如果当事人及其代理人缺乏有关专门性问题的相关知识或专业背景，对鉴定意见的质询仅能停留于感性认识层面，基本上仅能针对鉴定意。见的合法性提出意见，对鉴定意见的关联性和客观性几乎少有或无法质疑。鉴定意见采信难，是指鉴定意见经过法庭调查与辩论后，法官仍然很难决定是否将该鉴定意见采纳为证据。鉴定意见采信难的原因，主要在于鉴定意见的专业性导致鉴定意见的质证效果有限，质证环节对法庭采信的影响有限，质证如果流于形式，自然对认定案件事实不能发生影响。

为了解决上述问题，《民事诉讼法》规定了专家辅助人制度和鉴定人出庭制度。《民事诉讼法》第七十九条规定，当事人可以申请人民法院通知有专门知识的人出庭，就鉴定人作出的鉴定意见或者专业问题提出意见。《最高人民法院关于适用《中华人民共和国民事诉讼法》的解释》第一百二十二条进一步规定，"当事人可以依照民事诉讼法第七十九条的规定，在举证期限届满前申请一至二名具有专门知识的人出庭，代表当事人对鉴定意见进行质证，或者对案件事实所涉及的专业问题提出意见。具有专门知识的人在法庭上就专业问题提出的意见，视为当事人的陈述．.....”；第一百二十三条规定，"人民法院可以对出庭的具有专门知识的人进行询问。经法庭准许，当事人可以对出庭的具有专门知识的人进行询问，当事人各自申请的具有专门知识的人可以就案件中的有关问题进行对质．....."此为《民事诉讼法》于2012年修正时新增加的"专家辅助人"或称"诉讼辅助人"制度，目的是增强当事人的质证能力。专家辅助人参与审判程序属于当事人委托的专业人士，扮演着诉讼参加人的角色，其可以从专业角度对鉴定人进行询问，协助当事人质疑或支持鉴定意见，从而弥补当事人在专门知识领域质证能力的不足，也可为法官准确判断鉴定意见的客观、可靠性提供参考。

言辞原则要求庭审质证活动应该以言辞陈述和辩论的方式展开，未经言辞方式提出和调查的证据均不得作为裁判的根据。只有法官亲自参与并在当事人和其他诉讼参与人到场的情况下，通过这种言辞质证的方式，才能使法官对作为裁判基础的证据保持全面而充分的接触和审查，为法官查明案件事实真相提供保障。因此，对于鉴定意见的质证，亦有赖于鉴定人出庭制度。在鉴定人出庭作证的情况下，民事诉讼中的双方当事人及其代理人能够当庭就鉴定意见中的问题或疑惑，或者鉴定意见中没有反映出来的但与鉴定有关的问题，进行质询或者反驳。如果鉴定人不出庭，当事人无法在法庭上询问鉴定人，对鉴定结论有疑问不能当庭质证，容易导致当事人对鉴定人的公正性和鉴定结论的科学性产生怀疑。另外，鉴定人到庭陈述其鉴定结论，有利于人民法院全面了解案情，正确分析判断鉴定结论的证据价值，从而确定鉴定结论的可靠性和证明力。从国外立法例看，对鉴定人口头陈述也是比较重视的，比如《德国民事诉讼法》第四百一十一条规定：“(1）法院命令为书面鉴定书时，鉴定人应将其署名的鉴定书留交书记科。法院可以对鉴定人在此点规定一定期间．.....(3）为了对鉴定书加以解释，法院可以命令鉴定人到场。(4）双方当事人应在适当的时间内向法院提出他们对鉴定意见的反对意见、有关鉴定的意见以及对鉴定书的补充问题。法院为此可以规定一定期间．....."根据上述规定，德国关于鉴定的证据形式有两种：一是鉴定书，二是鉴定人的口头陈述。根据德国学者的解释，鉴定人的口头陈述和书面鉴定书这两种证据形式之间是有区别的，即前者是有关鉴定的主要证据形式，后者则处于次要的地位。前者基于民事诉讼法辩论原则的要求而作出。根据民事诉讼法的辩论原则，鉴定意见应在辩论中口头作出，但法院也可以命令他出具书面鉴定书。如果关于鉴定意见存在疑问或不清楚，则法院应依职权命令口头解释。根据《民事诉讼法》第七十八条规定，"当事人对鉴定意见有异议或者人民法院认为鉴定人有必要出庭的，鉴定人应当出庭作证。经人民法院通知，鉴定人拒不出庭作证的，鉴定意见不得作为认定事实的根据；支付鉴定费用的当事人可以要求返还鉴定费用"。即并非所有的案件鉴定人都要出庭，但如果当事人对鉴定意见有异议的，鉴定人应当出庭；虽然当事人对鉴定意见没有异议，但是人民法院认为有必要的，鉴定人也应当出庭。如果拒不出庭的，鉴定意见不得采纳，并且当事人可以请求返还鉴定费用。这一规定对于解决实践中鉴定人不愿出庭的问题有着重要的意义。