首先，本诉撤诉的，本诉被告申请撤回反诉的，人民法院应予准许。撤诉是当事人享有的一项诉讼权利，是当事人行使处分权的具体表现，亦是人民法院结案的重要方式。本诉与反诉的当事人具有平等的诉讼权利，既然撤诉是原告的诉讼权利，反诉原告即本诉被告也享有撤回反诉的权利。最高人民法院《关于适用＜中华人民共和国民事诉讼法》的解释》第二百三十八条第一款规定："当事人申请撤诉或者依法可以按撤诉处理的案件，如果当事人有违反法律的行为需要依法处理的，人民法院可以不准许撤诉或者不按撤诉处理。"既然人民法院已准予本诉原告撤诉，说明本诉当事人并无违法行为，基于反诉构成理论，反诉也应当是无违法行为。因此，本诉被告申请撤回反诉是否存在违法行为也就无审查之必要，人民法院应当予以准许。

其次，本诉撤诉不影响反诉的审理。虽然本诉与反诉之间具有牵连性，但两者之间又是相互独立之诉，并不存在相互依存性，本诉与反诉具有程序上的相对性。一方面，反诉具有独立性，为诉的一种，这项诉讼请求的提起同样需要被告具有提起诉讼的权利，并按起诉的基本要求向法院提起，反诉提起后并不因本诉的撤回而消灭，人民法院继续审理并无不妥。另一方面，反诉对本诉具有一定的依赖性是反诉相对独立的体现。当本诉撤回后，反诉即失去了针对性，演变成一种特殊形式的起诉，人民法院应当继续审理。并且，《民事诉讼法》第一百四十三条规定："原告增加诉讼请求，被告提出反诉，第三人提出与本案有关的诉讼请求，可以合并审理。"由此可推出，反诉与本诉并非一定要合并审理，反诉可以单独审理。如果在本诉撤诉后简单驳回反诉，案结事未了，当事人之间的矛盾并未化解，反而增加了当事人的诉累，人民法院也未发挥出定分止争的功能。

最后，本诉撤诉后，反诉的审理依然继续使用本诉的案号。本诉立案后，人民法院即给该案编制一个案号，因反诉并没有经过起诉程序，法院也没有对反诉编制案号，本诉与反诉共用一个案号、案由，双方互为原、被告，在程序上互相牵连。在本诉撤诉后，人民法院应当以该案号作出撤诉裁定，而又因反诉没有独立的案号，这要求反诉的审理仍然继续使用本诉的案号并作出判决，不必另行更换案号。