有争议的鉴定材料应当经过双方当事人质证，鉴定机构进行鉴定，依赖于双方当事人提交的材料，比如，建设工程施工阶段质量鉴定，要根据施工图设计文件、设计计算书、施工技术资料、检验报告、现场勘验记录及其他相关资料等鉴定资料，按，现行相关标准、规范、规程进行复核验算，从勘察、设计、施工、所选用材料设备、环境条件等方面进行分析、查明质量问题的原因。故鉴定资料是否充足、真实，直接影响鉴定结果。为了保证鉴定的中立性，每一方当事人提交的鉴定材料，都应允许对方当事人知悉并发表意见。《建设工程司法鉴定程序规范》第4.1.3条规定，"委托人应向鉴定机构提供真实、充分的鉴定资料，并对鉴定资料的真实性、合法性负责"。即原则上所有的鉴定资料都要由委托人提供，由人民法院委托的鉴定中，当事人应把材料提交给人民法院，人民法院组织进行证据交换、质证后，再把经过当事人证据交换、确认、签字、质证，即确定了真实性、合法性的材料，交给鉴定机构，鉴定机构经过分析、判断，决定哪些材料可作为工程鉴定的根据，用于计算造价、确定质量情况，等等。鉴定机构不能从当事人处直接接收材料。

人民法院在对鉴定材料接收、组织交换和质证过程中应注意以下问题：

(1）要做到全面接收材料。除非能够明显辨别出和鉴定无关，否则不应以和鉴定内容无关为由拒收鉴定材料。确认真实性、合法性后，要向鉴定机构全面提交鉴定材料，以便鉴定机构可以对材料与鉴定事项的相关性、材料的价值大小进一步鉴别和判断。

(2）所有的鉴定材料均应经过交换和质证程序。因鉴定材料可能影响鉴定结果，故所有提交给鉴定机构的鉴定材料，在当事人之间均应进行证据交换和质证。没有经过交换和质证的材料不能作为鉴定材料提交给鉴定机构。

(3）所有材料均需经过质证，不等于所有材料的真实性、合法性均需经过对方当事人确认。一方当事人提交的鉴定材料，另一方当事人对真实性、合法性有异议的，人民法院应当进行审查，最终确定是否可以作为鉴定材料使用。

4．鉴定材料的质证程序应由人民法院组织进行

组织双方当事人对有争议的鉴定材料进行质证，是人民法院的职权。实践中，由于建设工程鉴定的技术性强、复杂性大，有些项目法官可能无法单独完成证据的质证，这种情形下，人民法院可以邀请鉴定机构派人参加质证程序。一般来说，对于基础性证据，比如合同、开工报告、竣工报告等，应由人民法院直接组织进行质证；对于专业技术资料，比如施工图纸、签证单、预算书等，可邀请鉴定机构派人参加，引导当事人围绕证据的真实性、合法性、关联性和证明力的有无、证明力的大小发表质证意见。实践中，常用的做法为在确定鉴定机构后，召开由法官、鉴定人、当事人共同参加的鉴定准备会，其内容可包括以下几个方面：首先，鉴定人提出需要双方提供的鉴定资料并向法官建议提交的时限，由法官征求双方当事人意见后确定；其次，对于双方存在争议的鉴定材料，法官在组织双方当事人质证后，决定是否作为鉴定资料提交；再次，法官就鉴定范围、鉴定标准和方法听取各方当事人和鉴定人员的意见作出决定；最后，法官要求鉴定人员指定鉴定期限和鉴定步骤，听取各方当事人和鉴定人员意见后作出决定。