约定工程款低于成本结算的纠纷；经过招标投标订立的建设工程施工合同，工程虽经验收合格，但因合同约定的工程价款低于成本价而导致合同无效，发包人要求参照合同约定的价款结算的，人民法院应予支持。

发包人以房屋抵工程款；发包人与承包人协议约定以房屋直接充抵工程价款且发包人对房屋不再享有权利，因不履行该协议而引起的纠纷属于房屋买卖合同纠纷，不适用建设工程施工合同司法解释。

目前经常困扰施工企业的问题是，在签订施工合同时建设单位的领导很熟，有的合作了多年，因此合同签的很不规范，决算时不会有大的出入，但是事情不是一成不变的，特别是国有投资的工程，老领导不在了，新的领导不买账，完全按着合同办事，此时施工企业的权利无法保障，变更的没有签证，已经施工的没有写进合同里，不知如何是好?当您遇到此类问题时，不要着急，办法总是有的，聘请懂工程律师，为当事人挽回了大量的损失。