一、当事人诉前达成的结算协议：当事人在诉讼前已经对结算协议达成一致的，根据施工合同司法解释二，第12条规定，应当尊重当事人的意思表示。协议如果不违背法律、行政法规的强制性规定，不受施工合同效力的影响。合同无效，质量合格 ，按诉讼前达成一致的结算协议确认工程款的，应予支持。

2010年10月1日 ，云南某某房地产开发公司与中国冶建签订施工合同，合同约定由中国冶建承建云南某某房地产开发公司的某某小区。2011年12月5日，工程经过竣工验收合格，双方签订结算协议，确定工程价款总额。后来中国冶建多次讨要工程款，云南某某房地产开发公司总是以各种理由进行推脱。

中国冶建于2012年5月6日，向人民法院提起诉讼，要求云南某某房地产开发公司按照诉讼前达成一致的结算协议支付剩余的工程款3200万元。案件审理期间，被告以结算协议受胁迫为由，要求申请鉴定。法院审理查明，诉讼前达成一致的结算协议是双方的真实意思表示 ，不违反法律行政法规的强制性规定，没有提出受胁迫的相关证据，并且已经支付了结算协议中的2000万元 ，被告的抗辩理由不予支持，判决被告向原告支付工程款3200万元。

二、基于工程款转化的欠款问题：在建设工程施工过程中，承发包双方结算，出具书面借据确认欠款债务，是双方意思表示一致性的体现，一般应当认可其效力。如果被告能够提供证据足以对欠款关系真实性产生合理怀疑的，则应由原告进一步举证欠款形成的合意及合理性，原告无法举证的，应按基础的工程款法律关系审理。

三 、以房抵债工程款：以房抵债工程款是债务清偿的方式之一。对以房抵债的协议效力，应当以当事人的意思表示为准 ，如果不存在虚假诉讼的情况下，认定有效。承包人在发包人拒绝或者不能履行以房抵债协议后仍可以主张履行工程款的义务。如发包人隐瞒以房抵债协议存在抵押或者查封事实，承包人仍可有权主张工程款。如果以房抵债协议不存在不能履行的情形，发包人拒绝履行，承包人坚持要求履行抵债协议，应以支持。

四、发包人不能以承包人未开发票为由拒绝支付工程款：支付工程款和开具发票是不同性质的义务，支付工程款是施工合同的主要义务，开具发票是次要义务，两者不具有对等性。承包人没有开具发票，发包人不能以此为由拒绝支付工程款，除非施工合同在有明确约定。

【案情】2015年10月10日被告与原告签订施工合同，合同约定由原告承建被告的工程，后原告组织施工过程中，发生争议，原告诉之法院主张工程款。一审判决后，被告上诉人认为，被上诉人没有及时提交工程款增值税发票，导致无法支付工程款。最高法院二审认定，开具并交付工程款发票属于被上诉人履行合同随附义务，并非法定或者双方当事人约定的工程款支付条件，更不会导致上诉人无法依约支付工程款，因此上诉理由不能成立。裁定维持一审判决。