建设工程施工合同案件中司法鉴定的种类《人民法院司法鉴定工作暂行规定》第2条规定，"本规定所称司法鉴定，是指在诉讼过程中，为查明案件事实，人民法院依据职权，或者应当事人及其他诉讼参与人的申请，指派或委托具有专门知识人，对专门性问题进行检验、鉴别和评定的活动"，司法鉴定解决的是诉讼活动中面临的专业性问题，具体到建设工程施工合同纠纷中，司法鉴定是指依法取得有关建筑工程司法鉴定资格的鉴定机构和鉴定人受司法机关或当事人委托，运用建筑学理论和技术，对与建筑工程相关的问题进行鉴定并提供鉴定结论的活动。

从司法实践的情况看，建设工程施工合同纠纷主要包括三类，即工程价款纠纷、工期纠纷和工程质量纠纷，与上述纠纷所对应的司法鉴定主要是建设工程质量鉴定、工期鉴定、工程造价鉴定、损害赔偿鉴定四类。从纠纷引发的成因分析，具体的司法鉴定种类大体有以下几种：

第一，涉及工程质量的司法鉴定。一是发包人认为承包人完成的建设工程质量不合格而申请司法鉴定，包括竣工工程和在建工程。二是承包人认为发包人提供的主要建筑材料、建筑构配件及设备不符合强制性标准而产生的质量鉴定。三是发包人在建设工程未竣工验收时即擅自使用，但其认为建设工程的地基基础工程或主体结构出现质量问题而申请司法鉴定。四是双方对于建设工程修复后的工程质量是否合格发生争执导致的质量鉴定，既有验收过程中发生的质量修复，也有保修期内的质量修复。

第二，涉及工程价款的司法鉴定。一是因涉及设计变更导致工程量或工程标准发生变化，双方当事人对于该部分工程价款不能协商一致产生的司法鉴定。二是双方约定采用可调价格结算工程价款的，一方申请对工程造价进行司法鉴定。三是承包人拒绝保修或者屡次修复不成而由发包人自行修复的修复方案及修复费用的司法鉴定。

第三，工期鉴定。发包人主张承包人施工逾期而要求其承担违约责任，对于是否逾期、逾期天数所进行的司法鉴定。

第四，涉及损害赔偿的司法鉴定。一是承包人主张因为发包人的原因，导致其产生停、窝工损失的司法鉴定。二是发包人主张因承包人的施工质量不合格而给其或第三人造成了人身或财产损害的。

这些鉴定种类在一个建设工程施工合同纠纷案中可并存，也可交叉，如工程质量鉴定可能还会同时涉及建筑材料的质量鉴定，工程造价鉴定的同时会对停、窝工损失一并进行鉴定等，这些在司法实践中由法院自行掌握。